Nos termos dos Estatutos, a ANAMM está estruturada através dos seguintes órgãos:
1. CONGRESSO - órgão máximo da associação e com competência de tomar decisões estratégicas do desenvolvimento e funcionamento regular da associação;
2. CONSELHO NACIONAL - que funciona no intervalo entre os congressos;
3. CONSELHO DIRECTIVO - constituído por um Presidente, 3 Vice-presidentes e o Secretário-geral. O Conselho Directivo é o órgão executivo que responde pelo funcionamento efectivo da associação.
4. CONSELHO FISCAL - com funções fiscalizadoras sobre o cumprimento dos estatutos e execução dos programas da associação.
O mandato de todos estes órgãos é de cinco anos renováveis somente uma vez.