Cidade mais antiga do País, a Ilha possui uma rica e longa tradição urbana. A Ilha era, então, conhecida entre os naturais por Muipite, enquanto os Árabes chamavam-na Mulbaiuni. O termo Moçambique deriva da palavra Árabe Muça M’biki, nome de um comerciante Árabe que os Portuguese encontraram aquando da sua chegada ao local.

A ocupação Portuguesa realizou-se através de construção da feitoria em 1502, precedida fortaleza em 1507. Perante a presença Portuguesa, os Árabes procederam a transferência da Capital da Ilha para Sancul. A implementação da Comunidade Portuguesa, embora tenha reduzido o poder politico dos Xeques Muçulmanos, não afectou o seu poder religioso, visto que a população continua a viver sob a sua autoridade espiritual. Hoje, essa influência continua evidente tanto na estrutura sócio-cultural como no traçado arquitectónico da cidade.

Em 1973, o Decreto 247/73 criou o Distrito da Ilha de Moçambique. Dois anos depois o Decreto Lei 1/75 extinguiu o Distrito da Ilha, integrando as suas divisões administrativas na provincial de Nampula. Em 1994 a Vila ascendeu a categoria de Distrito Municipal, de harmonia com a Lei nº3/94 de 13 de Setembro, revogada pela Lei 2/97 de 18 de Fevereiro que a elevou a categoria de Município.